物理学和计算机 评价人数不足
读书笔记 第165页
NADPH

1995年第一次测出了两个细菌的完全基因组,10年后已经有200多种细菌的DNA序列。人们曾经期望完全基因组数据会帮助改进已知的亲缘关系。谁知事与愿违,出现了更多亲源问题和关于基因横向转移的争论。在此背景下,我国学者建议了一种从全基因组数据出发,构建亲源树的办法。核心点是用一种弱的"马可夫假定",即有限记忆效应假定,来减弱所谓"中性突变"的貌似随机的影响,突出自然选择的效果。图6.8是从全基因组数据出发、不做任何取舍和"微调",用计算机一举求得的110个细菌"属"的亲源树(见文前彩图),它代表了2005年12月底GenBank中的214个细菌(蓝色是真细菌,红色是古细菌),另外加了8种真核生物(绿色)作为参照。这棵树可以同最新版的《伯杰细菌系统手册》在线大纲(2004年5月)直接比较,符合甚好。细菌分类学家们真伟大!几代人、上百年的努力竟然同基因组水平的一次计算结果基本相同。

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